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10年以上前ぐらいにMicrosoft VMは純正VMより速いと言われてましたが、最新のJava8とMicrosoft VMをベンチマークで比較するとどうなるんでしょうか？

Microsoft VMはもう存在しないですな…。 近年のJVMは昔に比べたら非常に早いと思いますよ。JVM上で動く言語(Scalaとか)も盛んですし。