とある科学の超電磁砲 学園都市と呼ばれる場所で 超能力開発が行われていた。 その中でもレベル0の 無能力者からレベル5の 6段階に分かれている。 学園都市で７人しかいない レベル5、第3位の エレクトロマスター 通称“レールガン”御坂美琴は 学園都市で起こる様々な 事件を解決していく